Die Flächennutzung und die Art der Flächenbewirtschaftung hat einen großen Einfluss auf die Wasserqualität der Oberflächengewässer und des Grundwassers. Besonders im landwirtschaftlich intensiv genutzten norddeutschen Tiefland spielen diffuse Stoffeinträge in die Gewässer für die Gewässerökologie und die Trinkwassergewinnung eine große Rolle.

Für eine ziegerichtete Umsetzung der EU-Wasserrahmenrichtlinie sowie des Gewässerschutzes auf Basis von Landes- und Bundesgesetzen ist die Schaffung einer raumbezogenen aktuellen und belastbaren Datengrundlage eine wichtige Voraussetzung. Im Rahmen eines Forschungsprojektes im Auftrag des Landesamtes für Natur und Umwelt (LANU) wurde in der schleswig-holsteinischen Sanderzone untersucht, wie sich die Landnutzungsarten Grünland, Ackerbau, Moor und Forstwirtschaft auf die Stoffausträge in die angrenzenden Fließgewässer und das oberflächennahe Grundwasser auswirkt (siehe LANU-Projekt).

Ein weiteres Drittmittelprojekt "Entwicklung eines Mess- und Regelsystem zur güteorientierten Grundwassergewinnung in Ahlintel/Steinfurt" fand in Zusammenarbeit zwischen der Universität Münster und den Stadtwerken Steinfurt statt. Das Strategiekonzept sieht vor, die Grundwasserförderung des Wasserwerkes Ahlintel mit seinen vier Horizontalbrunnen den spezifischen Boden- und geologischen Untergrundverhältnissen anzupassen und dafür ein computergesteuertes Mess- und Regelsystem aufzubauen. Dabei sollen die variablen hydrochemischen Verhältnisse im Anstrombereich der Brunnen gemessen und durch eine entsprechend angepasste Grundwasserförderung eine möglichst hohe Rohwasserqualität erreicht werden, um so zusätzliche Kosten einer Grundwasseraufbereitung zu vermindern bzw. gänzlich zu vermeiden (siehe Projekt Stadwerke Steinfurt).